Ouvrir Regedit et dans HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ShellIconOverlayIdentifiers renommer les dossiers ...Tortoise... en les entourant de guillemets.

Fermer Regedit et redémarrer le PC

Si ça ne fonctionne pas ouvrir de nouveau Regedit et renommer les dossiers "...Tortoise..." en supprimant les guillements mais en insérant 3 espaces en début de nom (   ...Tortoise...)

Fermer Regedit et redémarrer le PC

Cf. http://stackoverflow.com/questions/25156238/tortoisegit-not-showing-icon-overlays